El 1 de febrero de 2010 se hizo cargo del primer equipo del Villarreal C. F., en reemplazo del destituido Ernesto Valverde. Su primer partido en Primera División fue el 7 de febrero de 2010, cuando el Villarreal perdió 1-0 ante el R. C. D. Mallorca. Una semana más tarde, el 13 de febrero, logró su primera victoria ganado 2-1 al Athletic Club. Finalmente, el equipo castellonense acabó en séptima posición la temporada, lo que le daba derecho a jugar la UEFA Europa League. El técnico renovó su contrato con el club.
En la temporada 2010/11, Garrido logró llevar al Villarreal hasta la cuarta posición en Liga y las semifinales de la Europa League en una gran temporada para el equipo amarillo.

En diciembre de 2011, el Consejo de Administración del Villarreal decide prescindir de los servicios de Garrido, debido a la eliminación en la Copa y a la mala trayectoria en Liga: sólo 3 victorias en 16 jornadas y hundido en la posición 17.ª, con los mismos puntos del primer equipo en descenso.

Casi un año después, en noviembre de 2012, Garrido vuelve a los banquillos de la mano del Club Brujas KV de Bélgica. Tres meses después de su fichaje, el técnico valenciano prolongó su contrato con la entidad belga.10 En la temporada 2012-13, acabó la Jupiler League en tercera posición después de haber cogido al equipo en la octava plaza y peleó por el título hasta la penúltima jornada del playoff, en el que hizo el récord de puntos del Club Brujas. En la 2013-14, empezó la liga con 5 victorias y 2 empates. Fue destituido el 19 de septiembre de 2013 con el Club Brujas invicto en la Jupiler League